يرتبط المعهد بمجلس القضاء الأعلى (وما يقابله في القسم الاداري أو المالي، أي مكتب مجلس شورى الدولة أو مجلس ديوان المحاسبة) ارتباطا وثيقا من الناحية الأكاديمية والتدريبية، وبوزارة العدل من الناحيتين الادارية والمالية. كما ان مجلس ادارته يتكون بدوره من عناصر من القضاء ومن وزارة العدل، بحيث يرأسه رئيس مجلس القضاء الأعلى (أو رئيس مجلس الشورى أو رئيس ديوان المحاسبة فيما يتعلق بالقضاة المتدرجين الاداريين والماليين)، ويشغل منصب نائب الرئيس فيه المدير العام لوزارة العدل.

يشكل المعهد إحدى وحدات المديرية العامة لوزارة العدل (المادة 3 المعدلة بالمرسوم الاشتراعي رقم 23 تاريخ 23/3/85)، ويستتبع ذلك:

- إنتفاء الشخصية المعنوية المستقلة للمعهد.

- إنتفاء الاستقلال المالي والإداري للمعهد.

 فالمعهد يرتبط إدارياً ومالياً بوزارة العدل، إذ أن موظفيه يلحقون به من ضمن الملاك الإجمالي للمديرية العامة لوزارة العدل، فضلاً عن عدم وجود موازنة خاصة به، بل أنه يعتمد على الاعتمادات التي تخصص له سنوياً عند وضع موازنة وزارة العدل.