يرأس المعهد ويشرف على أعماله قاضٍ من الدرجة التاسعة وما فوق، وينتدب لهذه الغاية بمرسوم يتخذ بناء على إقتراح وزير العدل وبعد موافقة مجلس القضاء الأعلى، ويكون رئيساً مباشراً للموظفين التابعين له. كما يتخذ الرئيس القرارات اللازمة لتنفيذ مقررات مجلس إدارة المعهد، ويسهر على حسن سير العمل في المعهد.